No fizioloģijas viedokļa autogēna apmācība ļauj kontrolēt ierosmes un kavēšanās procesu, panākot to līdzsvarošanu. Ar pastāvīgu šīs metodes izmantošanu tiek palielināta organisma spēja ātri pielāgoties mainīgajiem vides apstākļiem, tiek aktivizēti garīgās attīstības procesi, nervu sistēmas darbs tiek normalizēts un atmiņa tiek uzlabota. Liela nozīme ir autogēnā apmācība noguruma sindroma novēršanai, organisma normālas emocionālās sistēmas atjaunošanai pēc pārsūtītā stresa, atmiņas un uzmanības uzlabošanai. Terapeitiskos nolūkos šī metode tiek izmantota neirozēm un citiem funkcionāliem traucējumiem, kā arī organisma pamatstruktūru darba normalizēšanai un metabolisma procesu regulēšanai.
Autogēnas mācības ir pieejamas studijām un asimilācijai gandrīz ikvienam. Tā kā šīs psihoterapijas metodes nozīme organisma normālai darbībai ir vienkārši nenovērtējama, un pašam apmācībai nav nepieciešamas speciālas iekārtas vai trenažieri, tad ikvienam, kas vēlas apgūt autogēno apmācību metodes, ir tikai dažas minūtes dienā šāda veida vingrinājumiem. Tomēr pat tik īsu laiku pietiks, lai veidotos spēja pienācīgi sasprindzināt un atslābināt muskuļus, koncentrēties uz izvēlēto objektu, regulēt emocionālo stāvokli, uzturēt normālu nervu sistēmas autonomās daļas darbību un tādējādi uzraudzīt iekšējo orgānu funkcionālo stāvokli.
Autogēno apmācību galvenā daļa ir autosuggescijas process, kurā tiek izmantotas verbālās formas. Frāzes vajadzētu izteikt imperatīvā toņa veidā no pirmā cilvēka vienskaitļa, ti, tiem vajadzētu sākt aptuveni šādi: "es esmu mierīgs ... es esmu pārliecināts ..." utt. Saskaņā ar autogēnās apmācības noteikumiem šādās frāzēs nevajadzētu izmantot daļiņu "nē", tas ir, nevis vārda "Es neesmu slims" vietā, man jāsaka: "Es esmu veselīgs", nevis "Es neuztraucos" labāk teikt: "Es esmu pilnīgi mierīgs". Un šie izteicieni jāizrunā noteiktā kārtībā. Uzdevuma sākumā frāzes jāizrunā, lai atvieglotu un atslābtu, tad frāzes, kas mērķtiecīgi ietekmē ķermeni un palīdz sasniegt sesijas pamata psihoterapeitiskos uzdevumus, un, kad laiks tiek pabeigts, izteiksmes, kurām ir jābūt relaksējošai un mobilizējošai iedarbībai. Pareizi izpildot tehniku, cilvēks nokļūst gaismas pusdemonā, kura laikā notiek pašpalīdzība, kas palīdz uzturēt normālu ķermeņa darbību.
Ir noskaidrots, ka ar dažāda veida emocionālo stāvokli, ir palielināts spriedze vienā vai otrā grupā muskuļus. Piemēram, ja garastāvoklis ir slikts, elpošanas sistēmas muskuļos ir palielināts spriedze, un ar bailēm palielinās sejas muskuļu sasprindzinājums. Tāpēc, sasniedzot noteiktas muskulatūras relaksācijas autogēnas apmācības laikā, tā var nodrošināt organisma normālu darbību un mainīt labo psiholoģisko stāvokli. Tādējādi, pamatojoties uz saikni starp muskuļu grupām un ķermeņa emocionālo stāvokli, ir iespējams ievērojami samazināt neiro-emocionālo pārtēriņu, samazināt nogurumu un tādējādi veicināt nepieciešamā efektivitātes līmeņa ātru atjaunošanu.
Neskatoties uz šķietamo vienkāršību autologās apmācības un tās milzīgo pozitīvu vērtību normālu darbību organismā, joprojām ir dažas grūtības, izmantojot šo metodi. Piemēram, bērniem līdz 12 gadu vecumam autogēno apmācību izmantošana bieži vien nav efektīva, jo šajā vecuma periodā vēl nav pietiekami apzināta attieksme pret savu personību. Gados vecākiem cilvēkiem var būt arī grūtības mēģināt apgūt šo psiholoģisko tehniku, jo ar vecumu pakāpeniski samazinās slīpēto muskuļu tonuss, un muskuļu relaksācijas kontrole kļūst daudz sarežģītāka.